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ggplot2
开头定义变量
export
统一主题
theme_figure <- function(base_size = 7, base_family = "",
header_family = NULL,
base_line_size = base_size / 22,
base_rect_size = base_size / 22,
ink = "black", paper = "white", accent = "#3366FF") {
# Starts with theme_grey and then modify some parts
theme_grey(
base_size = base_size,
base_family = base_family,
header_family = header_family,
base_line_size = base_line_size,
base_rect_size = base_rect_size,
ink = ink, paper = paper, accent = accent
) %+replace%
theme(
panel.background = element_rect(fill = "#929292", colour = "#000000"),
panel.border = element_rect(colour = "#00FFFF"),
complete = TRUE
)
}
Cell杂志要求图片中的字为6-8pt，线图的宽度在0.5-1.5pt。
Science杂志要求图片中字的大小最小为6pt，线图宽度至少为0.5pt。
综上所述，我们在ggplot2中出图时可以直接设置好字体、字号、颜色和线条宽度等。
ggplot2中图片格式设置的逻辑很好理解图片
你不需要什么，就把它在theme()中设置为element_blank()即可。
如果需要的话，就根据它的类型（点/线/方框/文字）来指定参数。
一般学术论文中的图片都不需要背景，因此设置背景为透明，但给panel添加黑色边框。
设置整个图片的背景为空，这样即可获得透明背景
设置不显示panel的线条，不显示panel的背景，但给panel添加边界，黑色，宽度0.5mm
- Step2: 设置坐标轴和坐标轴刻度线的颜色及粗细
- 设置横纵坐标轴为空，因为前面已经指定了panel的边框，这里就不需要再加坐标轴了，否则会出现叠加的线条。当然加上也可以，只不过在AI里就会出现多余的线条。（本强迫症当然是不会允许这种事情发生的）
- 指定坐标轴刻度线为黑色，宽度0.5mm
ggplot2中默认所有文字的字体都为Arial，因此无需再指定。而综合CNS杂志的要求，我们建议将字号统一设置为7pt。
- 指定坐标轴的文字为黑色，字号7pt
- 指定坐标轴标题文字为黑色，字号7pt
- 指定图片标题为黑色，字号7pt
- 指定legend的背景设为空
- 指定legend的字号和颜色
将以上所有设置全部写入plot.format变量中，在每次画图时直接添加即可图片
